随着《国家中长期教育改革和发展规划纲要（-2020年）》的颁布，我国西部地区相继启动了“国家贫困地区义务教育工程”、“中小学危房改造工程”、“农村寄宿制学校建设工程”和“农村中小学现代远程教育工程”等。部分农村家庭经济困难学生得到“两免一补”资助，巨大的资金投入和智力支持为西部地区的“两基”工作注入了强劲动力。但由于种种原因，西部地区义务教育仍然存在着诸多问题。
一、西部农村地区义务教育中的突出问题
（一）教学质量普遍不高，及格率较低，辍学率也出现了反弹。与全国平均水平相比，西部农村义务教育的普及水平还不高，农村教育整体薄弱的状况还没有得到根本转变。西部农村中小学的教学质量低下。例如，云南省景洪市景哈乡中心小学-学年六年级样本班，市统考语文成绩及格率57％，数学及格率41％，全科及格率仅为32.6％。小学升初中不及格率占到70％-80％。初三年级教学质量检测成绩，语文及格率21.35％，英语及格率5.62％，数学及格率20.79％，全科及格率仅为2.75％。另据调查，云南省澜沧县木嘎乡的小学毕业成绩主要集中于3-9分和20-29分之间，没有一个学生达到及格线60分。近年来，西部地区农村学生辍学、流失率偏高，有的地方农村辍学率高达15％以上，严重影响了西部地区义务教育质量的提高。
（二）素质教育仅流于形式，限制了学生的全面发展。西部地区一些农村学校，义务教育往往仅流于形式和口号，义务教育被窄化为“语文＋数学”的教育。西部地区很多农村学校严重缺乏体育场所与设施，缺乏美育教育资源，无法有效地开设音、体、美课程。社会实践活动未能有效地开展，学生的活动能力得不到良好的培养，素质教育和全面发展成为一句时髦的口头禅。应试教育下的标准化考试偏重求同思维，仅关注分数，忽视对能力的全面提升，限制了学生的全面发展。据调查，新疆、云南和贵州等西部省份仍然有55%以上地区中小学的音、体、美等课程无法有效开设，素质教育依然比较落后。
（三）教育观念普遍不高，农村中小学课程与生活普遍脱节。目前西部农村义务教育在办学方向上出现了摇摆和震动，义务教育的本质属性被片面化。义务教育课程设置和教材的编写没有体现农村经济、社会发展的实际需要；学校课程全是文化课程，教学内容全是书本知识，课程与实践脱节，教育与生活脱节，教学方法简单，教学手段单一，农村的孩子和家长把“离农”、“厌农”作为刻苦学习的前提，把升学当作义务教育的唯一目标和出路。很多升学无望的学生感到学校里学的东西对他们没用，产生厌学情绪。培养的学生一旦未能考上大学，回到农村以后，“干活放不下架子，脱贫没有点子，致富没有法子，全身像个公子”。这种现象又进一步影响了农民对义务教育的看法，形成片面的教育无用论，造成了辍学率的升高，影响了义务教育质量。据调查，甘肃、宁夏和内蒙等西部省份60%以上的中小学有关农业科技知识课程仍然无法有效开设，农业科技教育比较滞后。
（四）教师队伍整体素质较为落后，令人担忧。一是数量总体不足，农村地区教师缺编严重。，对广西、四川、青海等省15个县的109所中小学进行的专项督导检查结果显示，西部各省普遍存在农村教师缺编的现象。西部农村地区由于财力不足，长期招不到足量、合格的公办教师，师范毕业生又分配不到位，原有教师又流失严重，参差不齐的代课教师便大量涌现于西部农村地区的中小学。我国中小学代课教师达40万人，广西、西藏、贵州、云南等省区小学代课教师比例均超过20％，代课教师的大量存在和公办专任教师的严重短缺从根本上制约了农村地区义务教育的质量与健康发展。二是农村中小学教师结构难以满足需求。首先是学科结构不合理。语数等主要学科富余，而短线学科如艺体学科教师明显不够。四川省铜梁县安居初级中学有20个班，但没有一个音乐教师。其次是年龄结构不够合理。农村边远学校教师的年龄不同程度存在老化和断档问题。重庆市开县、云阳、万州等三峡库区农村中小学尤其是村小，教师老龄化现象较为严重，农村教师平均年龄在40-50岁之间，中老年教师占了60%-70%。再次是教师素质令人担忧。西部地区农村学校与发达地区学校的教师相比，在学历、职称、能力、水平、见识等方面都存在较大差距，教师工作环境较差，收入待遇较低，工作负担较重。农村中小学教师很少有机会外出参加培训、开展学术交流，专业发展机会严重缺乏，在教育观念、教学水平、评价方式、课堂管理等方面存在诸多问题。