《三体》讲述了地球文明与三体文明的战争。在文化大革命时期军方有一项探寻外星生命的“红岸工程”。在这项工程里有一个人，叫叶文洁，她改变了人类的命运。“红岸工程” 是向宇宙发射人类信息的计划。四光年外，三体文明正在苦苦挣扎，三颗无规律运转的恒星主导下百余次毁灭与重生。使他们从母星逃离。就在这时，三体文明接收到了来自地球的电波。接受到电波的是三体文明中的一个和平主义者。他警告地球不要回答，这样就不会被锁定位置，否则将被入侵。可看到人类疯狂的破坏环境，叶文洁对人类失去了信心。他不顾警告。又向三体文明发射了电波。三体文明知道了和平主义者发送警告的事情。对他们来说像天堂一样的地球破灭了。但叶文洁再次发射的电波，使三体文明迅速定位了地球，并利用魔法般的科技锁死了地球的基础科学。
在锁死了地球的基础科学后，三体文明杀气腾腾地直扑地球，地球人的任何战略措施都将被智子看到。只有人的思维除外。根据三体人思维透明的致命缺陷，实施了面壁计划。挑选出的四位面壁者，他们可以调动人类的一切资源。他们要用假象迷惑三体文明，使三体文明不知道人类的战略意图。展开对三体文明的反击。
三体人自身虽然无法识破人类的计谋，却由地球人中的背叛者挑选出的破壁人与面壁者展开智慧博弈。
1,2,3，号面壁者的战略意图全被破壁人所识破。四号面壁者罗辑没有破壁人。因为地球背叛者认为他需要找出能对三体人构成威胁的地方。他就是自己的破壁人。罗辑的宇宙社会学使他知道了宇宙的黑暗森林的状态。整个宇宙是一座黑暗森林每个文明都是一个带枪的猎手，如果他发现了别的生命，能做的只有一件事：开枪消灭之。罗辑以太阳为中心，朝宇宙发射了对一颗行星的“咒语”。但是没有人相信他。罗辑冬眠了，他说要在“咒语”生效时苏醒。当罗辑苏醒时却发现“面壁计划”早已废除，被当做一个古代的笑话。人类认为自己的舰队可以打败三体舰队，可当三体的探测器“水滴”到达，地球人的舰队基本被摧毁时，地球人才意识到自己力量的弱小。地球的理论知识依然没有进步。地球政府疯狂的寻找对策，却发现“咒语”生效了。罗辑的“咒语”其实就是行星的坐标。如果一个猎手看到一个坐标会怎样？他肯定不会认为那里有别人的给养。而是会认为那里有别的有威胁生命。他的做法是开一枪试试。而罗辑的“咒语”就是一幅坐标。宇宙这座黑暗森林里肯定会有猎手朝坐标开枪。但“水滴”封锁了太阳。面壁者罗辑无能为力。太阳被封锁了，“咒语”已经不能发射了。
为了稳定群众的秩序。罗辑按照政府的要求开始了“雪地工程”这项工程是显示另外九个三体探测器进入太阳系时的痕迹而制造的尘埃云。但大众想要的是能保证安全的工程。随着谣言的发展，罗辑成为了一个大骗子。他被逐出了小区。罗辑已经绝望，他知道三体世界能看到自己。于是他与三体世界展开了最后的对决。罗辑在“雪地工程”里动了手脚。假如他死了，摇篮系统将被触发。三体文明的坐标将暴露，三体文明将毁灭。最终，三体文明妥协了，在这场决斗中，地球赢了。
这本书写出了我们这个星球在宇宙中所能经历的一切，人类的道德和生存激烈碰撞，超越时代的宏伟和深邃。也许某一天，宇宙这座黑暗森林将会有一缕阳光射进来。